Javier Ponce es Ingeniero Industrial por la Universidad Politécnica de Madrid, Máster in Business Administration (MBA) por el Instituto de Empresa y Diplomado en Comunidades Europeas por la Escuela Diplomática.

Comenzó su actividad laboral en 1986 como becario y, posteriormente, como investigador contratado en el CSIC (Consejo Superior de Investigaciones Científicas). Más tarde trabajó como Ingeniero de diseño y después como Jefe del Laboratorio de microelectrónica del grupo de telecomunicaciones AMPER.

En 1992 se incorporó al CDTI como Técnico en la Dirección Internacional, siendo Delegado Español ante la Unión Europea de Programas de I+D durante los Programas Marco III y IV. En el CDTI ha ocupado  diversos cargos: Jefe de la Oficina de Presidencia Española del Programa Internacional Eureka de cooperación tecnológica, Jefe del departamento de Estudios y Promoción del CDTI, Director de Gestión Operativa y Secretario del Consejo de Administración del CDTI.

Entre 2012 y 2018, hasta su nombramiento como Director General, coordinó y dirigió la gestión económica y financiera global del CDTI así como la política de inversión en capital de empresas tecnológicas, siendo, además, consejero de la sociedad pública de inversión INNVIERTE.